《海防图论》主要篇目有：海防图、广东要害论、琼管论（原作琼馆守御论）、广福通番当禁论、福洋要害论、福洋五寨会哨论、福宁州论（原作福宁州守御论）、广福浙兵船当会哨论、浙江四参六总分哨论（原作浙洋守御论）、舟山论、浙直福兵船当会哨论、苏州水陆守御论（原作苏松水陆守御论）、江北设险方略论、江淮要害论、山东预备论、辽东军饷论（《万里海防图论》，亦有是篇，文字有所不同）、日本考略。本书铅印本后附《阵纪》八篇：战令、战机、摧陷、水战、火战、夜战、山林泽谷之战、风雨雪雾之战。以《武经七书》的言论为根据，阐述战场律令、战机选择和各种天候地形条件下的作战特点。
《海防图论》以地形和倭情为依据，论述了沿海各地的战略形势和在抗倭中的战略地位，提出了加强防御的措施。其总的防御思想是御之于远洋，歼敌于近岸，各省联合防御，协同会剿，内外夹持，水陆兼备。具体措施主要有加强鱼船管理，除掉内奸，使倭寇失去耳目和向导；占领海上要害岛屿，封锁倭寇必经之路；分哨和会哨紧密结合，尤其要加强防御接合部的会哨，堵塞一切空隙；在沿岸港口设水陆把总和游兵把总，既能水上击敌，又能在陆上堵截歼敌；组织团练乡兵，使处处有御倭之兵。每篇之后有辑录者的评论，如“苏州水陆守御论”后，针对原文提出的“调募客兵不如调土著之兵，可调习而有常；官造战船不如雇民间造私船，皮坚久而省费”的主张，评论说，“苏松海防所依赖者，无过兵船。第招募客兵亦未为不可，至于战船民造，实为坚久，是当永为例云”。
《海防图论》是明代的重要海防文献，所提出的御倭方略在当时具有重要意义。据胡宗宪《筹海图编·序》可知，此书在嘉靖年间刊印过，称《万里海防》，此刊本今不可见。万历年间刻本改称《海防图说》。以后被《兵垣四编》、《长恩书室丛书》、《后知不足斋丛书》等丛书收录，均题《海防图论》。
《武备志》
《武备志》是中国古代部头最大的一部综合性兵书。全书二百四十卷，约二百万字，附图七百三十余幅，被称为“军事学的百科全书”（白寿彝《中国通史纲要》第九章）。这部兵学巨著是由茅元仪历时十五年撰成。
茅元仪（～），字止生，号石民，又号东海波臣、梦阁主人、半石址山公等，明归安（今浙江吴兴）人，明末杰出的军事家和文学家。他出身世代书香门第，自幼好学不厌，博览群书，尤“喜读兵农之道”（《石民四十集》卷）。年方十岁，他的家乡吴兴遇大灾荒，太守集议赈荒，官吏及富户无人敢应诺，独有未成年的茅元仪请求倾尽家藏粮食数万石，以救济灾民。他熟悉古今用兵方略，对九边阮塞要害，口陈手画，了如指掌。面对后金政权崛起，狼烟频频，明廷政治腐败，国运衰落，激起了发奋学习，探讨“治国平天下”方略，著书立说，以振兴明朝武备的雄心壮志。他寓居南京，潜心研究历代兵法韬略和当代国防形势，倾注十五年的心血，撰成了《武备志》这部古代兵学巨著，于天启辛酉（）刻印成书。自此，这位年轻学子声誉鹊起，以“知兵”之名被任为赞画，随大学士孙承宗督师辽东，抵御后金。他曾出塞视察红螺山，七天不见烟火，随从都面无人色，而他仍从容不迫。并到江南募集舟师战舰，为孙承宗筹划了辽东水军的部署。不久，孙承宗遭排挤去职，茅元仪亦被削籍，告病南归。崇祯帝即位后，茅元仪赴京向新帝进呈《武备志》，“且上言东西夷情，闽粤疆事及兵食富强大计，先帝命待诏翰林”。（《列朝诗集小传·茅待诏元仪传》）然而却被权臣王在晋等所中伤，以“傲上”的罪名被放逐定兴（今属河北）江村。崇祯二年（）冬，后金骑兵进逼京师，孙承宗于危难之际再度受命督师。茅元仪和二十四骑护卫孙承宗，从东便门突围至通州，击退后金军，解除了京师之危。茅元仪被任为副总兵，督理觉华岛（今辽宁兴城菊花岛）水师。先被权臣所忌被解职，后受辽东兵哗之累，充军福建。辽东军情紧急，请求募死士勤王，遭到权臣阻挠，悲愤纵酒而亡。茅元仪文武双全。明清之际学者称赞他“年少西吴出，名成北阙闻，下帷称学者，上马即将军”（方以智：《流寓草》卷七《酬茅将军》）。他一生著述宏富，据《方以智茅元仪著述知见录》（任道斌编著，书目文献出版社年版）统计，其著作有《武备志》、《督师纪略》等余种，数百万言。但由于屡遭禁毁，多散佚。
《武备志》是一部大型综合性辑评体兵书。它体系宏大，条理清晰，体例统一。全书分类排纂史料，每类之前有序言，考镜源流，概括内容，说明编纂指导思想和资料依据；大类之下有小类，小类之下根据需要设细目，如《军资乘》下又分为类个细目；文中有夹注，解释难懂的字词典故，如在《孙子·行军篇》“仗而立者”下注“依兵仗而立”；文旁有批点，用“○”表微妙处，用“”表示紧关处，用竖空心线“”表示一篇纲领，用竖黑线“”表示分段条目，用“”表示隐微处；文上有眉批，或赞扬，或批判，不拘一格，如在《孙子·九地篇》“善用兵者，譬如率然，……击其中则首尾俱至”上批道：“千古阵法，概此一语。李药师稍窥其端，其余名将犹堕云雾中。”《武备志》完备的体例，不仅表明了著者对各个问题的看法，而且为读者把握全书的重点提供了线索。
《武备志》共由兵诀评、阵练制、军资乘、占度载五大部分组成。
《兵诀评》，卷，选录《孙子》、《吴子》、《司马法》、《三略》、《六韬》、《尉缭子》、《李卫公问对》全文和《太白阴经》、《虎钤经》的部分内容，进行评点。他非常推崇《孙子》，“自古谈兵者，必首推孙武子”。他还有一段名言：“先秦之言兵者六家，前孙子者，孙子不遗，后孙子者，不能遗孙子，谓五家为孙子注疏可也。”（《兵诀评》）后人在引用这段话时往往掐头去尾，只取中间一句，来证明《孙子》是古代“空前绝后”之作，实际上是不符合茅元仪本意的。茅氏是将《孙子》与先秦其他五家兵书相对比得出的结论。尽管如此，茅氏评说仍有偏颇之处。不可否认，《孙子》的成就最高，但其他五家也各具特点，都在不同的方面对《孙子》有所发展。
